สาระสำคัญ ประกอบด้วย 36 มาตรา แบ่งเป็น 3 ส่วน ได้แก่

1) การเข้าถึงทรัพยากรพันธุกรรม ต้องดำเนินการตามมาตรการทางกฎหมาย การบริหารจัดการ และนโยบาย ของประเทศผู้ให้ ซึ่งควรประกอบด้วย ความเห็นชอบในเบื้องต้นที่ประเทศผู้ให้มีต่อคำขอเข้าถึงทรัพยาพันธุกรรมจากประเทศผู้ใช้ หรือ ความเห็นชอบที่ได้แจ้งล่วงหน้า (Prior informed consent: PIC) หน่วยงานที่ได้รับมอบอำนาจตามกฎหมายให้พิจารณาการเข้าถึงและการแบ่งปันผลประโยชน์ หรือ หน่วยงานที่ได้รับมอบอำนาจระดับประเทศ (Competent National Authority: CNA) และเงื่อนไขในการเข้าถึงและการแบ่งปันผลประโยชน์ที่ผู้ให้และผู้ใช้เห็นชอบร่วมกัน หรือ เงื่อนไขที่ได้รับการตกลงร่วมกัน (Mutually Agree Terms: MAT) ทั้งนี้ ผู้ใช้จะต้องเข้าถึงทรัพยากรพันธุกรรมและภูมิปัญญาที่เกี่ยวข้อง ตามเงื่อนไขที่ได้รับการตกลงร่วมกันอย่างเคร่งครัด และประเทศผู้ให้จะแจ้งการดำเนินงานดังกล่าวเข้าสู่ระบบข้อมูลการเข้าถึงและการแบ่งปันผลประโยชน์ (ABSCH) ตามชั้นความลับต่อไป

2) การแบ่งปันผลประโยชน์ เป็นการดำเนินงานตามเงื่อนไขที่ได้ตกลงร่วมกัน (MAT) ระหว่างผู้ให้และผู้ใช้ ซึ่งมีทั้งผลประโยชน์ที่ไม่ใช่ตัวเงิน เช่น ความร่วมมือทางด้านวิทยาศาสตร์ การแบ่งปันผลงานวิจัยและพัฒนา และผลประโยชน์ที่เป็นตัวเงิน เช่น เงินทุนวิจัย การเป็นเจ้าของร่วมในสิทธิทรัพย์สินทางปัญญา

3) การปฏิบัติตาม ผู้ใช้ทรัพยากรพันธุกรรมและภูมิปัญญาท้องถิ่นที่เกี่ยวข้อง จะต้องได้ใบรับรองการปฏิบัติตามระหว่างประเทศ (Internationally Recognized Certificate of Compliance: IRCC) ซึ่งแสดงว่าผู้ใช้ได้ปฏิบัติตามเงื่อนไขที่ได้รับความเห็นชอบร่วมกัน (MAT) แล้ว โดยการออกใบรับรองฯ จะต้องผ่านการตรวจจาก จุดตรวจสอบ (checkpoints: CP) หน่วยประสานงานกลางระดับประเทศของพิธีสารนาโงยาฯ (National Focal Points: NFP) และหน่วยงานที่รับมอบอำนาจระดับประเทศ (NCA) ซึ่งเป็นกลไกที่มีชั้นความลับภายใต้ระบบข้อมูลการเข้าถึงและการแบ่งปันผลประโยชน์ (ABSCH)

ภาคีพิธีสารนาโงยาว่าด้วยการเข้าถึงทรัพยากรพันธุกรรมและการแบ่งปันผลประโยชน์

• ประเทศไทยได้ลงนามรับรองในภาคีพิธีสารนาโงยาว่าด้วยการเข้าถึงทรัพยากรพันธุกรรมและการแบ่งปันผลประโยชน์ที่เกิดขึ้นจากการใช้ประโยชน์ทรัพยากรพันธุกรรมอย่างเท่าเทียมและยุติธรรม เมื่อวันที่ 31 มกราคม 2555 ทั้งนี้ยังไม่ได้ให้สัตยาบันต่อพิธีสารฯ
• อย่างไรก็ตาม ประเทศไทยในฐานะภาคีอนุสัญญาว่าด้วยความหลากหลายทางชีวภาพได้ดำเนินการตามพันธกรณีของอนุสัญญาฯ รวมถึงข้อกำหนดที่ให้มีการแบ่งปันผลประโยชน์ทรัพยากรพันธุกรรมอย่างเท่าเทียมและยุติธรรม โดยสำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม (สผ.) ในฐานะหน่วยประสานงานกลางอนุสัญญาฯ ได้จัดทำระเบียบคณะกรรมการอนุรักษ์และใช้ประโยชน์ความหลากหลายทางชีวภาพแห่งชาติ (กอช.) ว่าด้วยหลักเกณฑ์ วิธีการ และเงื่อนไขการเข้าถึงและได้รับประโยชน์ตอบแทนจากทรัพยากรชีวภาพ พ.ศ… เพื่อเป็นกรอบการดำเนินงานงานที่เกี่ยวข้องกับเข้าถึงทรัพยากรพันธุกรรมและการแบ่งปันผลประโยชน์และเตรียมตัวสำหรับการเข้าร่วมเป็นภาคีพิธีสารในอนาคต โดยระเบียบดังกล่าวได้รับการเห็นชอบตามมติ ครม. เมื่อวันที่ 11 มกราคม 2554 และประกาศในราชกิจจานุเบกษา เมื่อวันที่ 4 มีนาคม 2554 และมีผลบังคับใช้ ตั้งแต่วันที่ 5 มีนาคม 2554 เป็นต้นมา
• ปัจจุบันพิธีสารนาโงยาว่าด้วยการเข้าถึงทรัพยากรพันธุกรรมและการแบ่งปันฯ มีภาคีทั้งหมด 132 ประเทศ (ณ เดือนพฤศจิกายน 2564)

รายชื่อภาคีพิธีสาร https://www.cbd.int/abs/nagoya-protocol/signatories/