ความหลากหลายทางชีวภาพเป็นองค์ประกอบสำคัญของระบบนิเวศทั่วโลก โดยสร้างความมั่นคงและรักษาสมดุลให้กับระบบนิเวศ และมีความสำคัญต่อความเป็นอยู่ที่ดีของการดำรงชีวิตของมนุษยชาติ ความหลากหลายทางชีวภาพยังมีบทบาทสำคัญในทางเศรษฐกิจ และภาคส่วนต่างๆ ที่ขับเคลื่อนการพัฒนา รวมทั้งด้านการเกษตร ป่าไม้ ประมง และการท่องเที่ยว พันธุ์พืชเป็นกลุ่มตัวอย่างความหลากหลายทางชีวภาพที่ใหญ่ที่สุด ทั่วโลกมีประมาณ 450,000 ชนิดสำหรับพืชดอก (Angiosperm) 1,000 ชนิดสำหรับพืชเมล็ดเปลือย (Gymnosperms) และประมาณ 10,000 ชนิดสำหรับเฟิน ประเทศไทยตั้งอยู่ในพื้นที่ที่มีความหลากหลายทางชีวภาพที่มีความสำคัญสูงอันดับ 16 ของโลก เนื่องจากตั้งอยู่ในเขตร้อนใกล้เส้นศูนย์สูตร มีพื้นที่ติดทะเล มีสภาพภูมิอากาศเหมาะสมต่อการดำรงชีวิตของสิ่งมีชีวิตชนิดต่างๆ จากการศึกษาพบว่า ประเทศไทยมีความหลากหลายทางระบบนิเวศ (ecosystem diversity) มากถึง 7 ระบบ นอกจากนี้ประเทศไทยยังมีความหลากหลายทางด้านชนิดพันธุ์ ซึ่งพบว่ามีพรรณพืชที่มีระบบท่อลำเลียง 12,000 ชนิด และสัตว์มีกระดูกสัน 7,000 ชนิด อย่างไรก็ตามการเติบโตอย่างต่อเนื่องของประชากรมนุษย์ และการพัฒนาทางด้านเศรษฐกิจที่ขาดกลไกการบริหารจัดการ ทำให้ความหลากหลายทางชีวภาพเสื่อมโทรมและทวีความรุนแรงขึ้น ในช่วงศตวรรษที่ผ่านมา โลกได้สูญเสียพื้นที่ชุ่มน้ำไป 50% สูญเสียพื้นที่ป่าไม้ไป 40% และประมาณ 60% ของระบบนิเวศทั่วโลกได้เสื่อมโทรมในระยะเวลาเพียงแค่ 50 ปี และในช่วงครึ่งหลังของทศวรรษที่ผ่านมา อัตราการสูญพันธุ์ของพืชมีการสูญเสียมากถึง 137 ชนิดต่อวัน ข้อมูลเพิ่มเติมของโครงการ
กลไกหลายอย่างได้รับการสนับสนุนสำหรับนำมาใช้ในการพัฒนาเพื่อจัดลำดับความสำคัญของการอนุรักษ์หรือประเมินความเพียงพอของการคุ้มครองชนิดพันธุ์ แต่ตัวบ่งชี้ทาง Taxa ใช้เป็นตัวแทนความรู้ที่สมบูรณ์ยิ่งขึ้นของรูปแบบความหลากหลายทางชีวภาพและเป็นวิธีการที่ได้รับการยอมรับมากที่สุด โดยทั่วไปการจัดลำดับความสำคัญจะขึ้นอยู่กับคุณสมบัติของพื้นที่ และชนิดพันธุ์ที่พบได้ง่าย เช่น เสือ อย่างไรก็ตามการวิเคราะห์เพื่อจัดลำดับความสำคัญเชิงพื้นที่เพียงชนิดเดียว อาจจะแสดงการเป็นตัวแทนของความหลากหลายทางชีวภาพที่ต่ำ ดังนั้นวิธีการในการสำรวจรูปแบบความหลากหลายของชนิด และพัฒนากลยุทธ์ในการอนุรักษ์ความหลากหลายทางชีวภาพจะมีประสิทธิภาพต่อการดำรงชีวิตในระยะยาวของชนิดพันธุ์ที่หลากหลายวิธีการที่เป็นไปได้คือการเปรียบเทียบการกระจายและรวมเข้ากับข้อมูลสภาพแวดล้อมต่างๆ เพื่อแสดงให้เห็นช่วงชีวิตของชนิดนั้นๆ ทั่วทั้งภูมิภาค ประเทศไทยมีการสำรวจความหลากหลายทางพรรณพฤกษชาติมีพืชที่มีท่อลำเลียง (vascular plant) ไม่น้อยกว่า 10,000 ชนิด จากประมาณ 275 วงศ์ ของพืชมีเมล็ด (spermatophytes) และประมาณ 36 วงศ์ ของพืชกลุ่มเฟิน (Pteridophytes) ในปัจจุบันพื้นที่ป่าธรรมชาติของประเทศเหลือประมาณ 25 % ซึ่งอดีตพื้นที่ป่าส่วนใหญ่ ถูกเปลี่ยนสภาพไปเป็นป่าเสื่อมโทรม เนื่องจากการพัฒนาเพื่อเป็นที่อยู่อาศัย และพื้นที่กสิกรรม ซึ่งเป็นภัยคุกคามสำหรับพรรณพฤกษชาติ ในปี 2006 ประเทศไทยได้ประเมินสถานภาพพรรณพฤกษชาติโดยอ้างอิงเกณฑ์ของ IUCN Red List Categories ข้อมูลเพิ่มเติมของโครงการ